食用菌工廠化在生產環節，每個生產者都要進行菌種擴繁，高壓滅菌、菌種培養和出菇管理等一系列工作，這其中任何一個環節出現疏忽，都會影響出菇質量，造成財力和資源的浪費。前些年在我國黑木耳主產區黑龍江省，耳農們為了改變以往一家一戶、小作坊式菌包生產造成的資源浪費、效率低下現象，幾家幾戶關系較好的鄰居開始聯合購置設備，形成了共同生產菌包、分別培養出耳的聯合戶模式。隨著市場規模和需求逐年遞增，集中制菌包、分散出菇的生產模式被越來越多的菇農接受，為工廠化菌包廠的發展奠定了基礎。

　　菌包工廠化生產就是充分使用和整合現代機械設備，形成原料攪拌、裝袋、滅菌、接種、養菌等生產流程工廠化流水線作業，生產的“菌包”既提高了菌包的生產效率，節省了人力，減少菇農一次性的投資成本，又減少了雜菌污染率，保證了菌包的質量。菇農只要做好出菇管理環節即可，將勞動強度很大的配料、拌料、裝袋等工序由工廠化生產企業內的機械設備完成，極大地降低了勞動強度。同時，菌包工廠化生產的建設，帶動了行業內機械裝備業的發展，裝袋機、滅菌器、接種機等一大批機械設備企業普遍經營業績良好。同時，菌包工廠化生產也有力帶動了產地菇農的創收。在貴州大方雪榕公司已建成兩條食用菌菌棒生產流水線，租用標準化廠房14棟，聘用員工1500名，每天可生產食用菌棒150噸，日裝菌棒18萬袋，為當地菇農提供了標準化的食用菌菌棒生產，有力地激活了地方產業鏈的延伸，促進了農民脫貧致富。

　　盡管菌包工廠化生產的節能減耗作用在多地食用菌產業發展中已得到充分體現，但受到建廠投資大、技術人員短缺、后期管理糾紛多等制約因素的影響，各主產地菌包工廠化產量占全部生產量的比例還比較低，菌包工廠化產品還遠遠沒能滿足生產的需求。調查中了解到，2015年黑龍江省黑木耳生產投放量在60億袋左右，集中在牡丹江、伊春、尚志、大興安嶺等幾個產區，而全省黑木耳菌包廠的總體生產能力剛剛接近5億袋，還不到生產量的十分之一，未來發展空間巨大。

　　另外，目前我國菌包工廠化還存在一些問題，一是企業投資盲目，缺乏前期市場調研和規劃設計，項目上馬后不符合當地生產需求，停產倒閉現象較多；二是生產環節標準化程度不夠，在菌種的選擇和使用上把關不嚴，接種人員無菌操作意識不強，養菌環節疏于管理，菌包質量有偏差，菇農和菌包廠糾紛不斷；三是菌包廠與菇農之間的風險分擔不明晰，出現菌包傷農事件時責任難于明確。

　　所以在大型食用菌工廠化生產的時候，可考慮采取集中作業，機械化生產嗎，節約人力提升效率。